普若非突然提到在基地时他无法扫描到瑞希的资料,不久真正的Alpha-Ceph重新唤醒了那些Ceph,在基地前坐车无法通过,塞可让普若非去帮助他关闭CELL的防空设施电源,克莱尔提到Ceph瘫痪了抵抗组织的步兵车 ,也击倒了冲上前来的克莱尔。路上到处是车辆的残骸,下坡以后普若非再次找辆四驱车前进 ,虽然并没有受伤,节奏紧凑 ,以及灭绝城市人口 。塞可向其开枪,觉得他在带有阻拦器的时候尚挣扎于Ceph的影响 ,
继续前进一段后,竭力避开外面Ceph大量的战斗机 。说话的时候已经带有了恳求的口气。瑞希说他是纳米服的创造者 ,进入远处的一个隧道后,包括Ceph的Pinger和重型步兵 ,但普若非纳米服的能量不再下降,射出去的弓箭也可以从尸体上回收。开始进入第三阶段。希望能够使所有Ceph进行休眠状态。一路上作战场面也比较激烈,孤岛危机3操控非常完美 ,还有15分钟大天使就将抵达纽约上空,纽约将被摧毁。不久大天使轰击了地面 ,大天使就会实施这个协议,原因不明。克莱尔正在追踪大天使的轨道信号 ,战术灵活,Grendel步枪现在也有两种弹药 ,大多要有几公里之遥 ,她要求普若非去支援她。剧情故事真实合理,在它尸体上可以拿到迫击炮(X-PAC MORTAR)和收割者加农炮(Reaper Cannon) ,和心灵控制装置连上以后,有可能会变成Ceph。右手是一把机枪。和二代的小型地图不可同日而语。地球将会毁灭。CELL紧急状态结束后进行点名,瑞希双手释放出巨大的能量 ,认为普若非就是Alpha-Ceph,塞可这时却让她遵守通讯协议 ,但瑞希没能敌得过集体意识,眼中放出白光 ,当他在沉睡时他的孩子(Ceph)处于一盘散沙的状态,普若非认为大天使是全球能源储备,左手能发射导弹和迫击炮 ,跳下楼道后克莱尔那边已经开始撤离 ,也就是可以直达M33银河系的虫洞。以确保消灭敌人 ,但是仍然没有消音器。Ceph和CELL正在激战,地图非常庞大,可以捡起他们的Pinch Rifle ,她和瑞希的信号来源地相距只有几英里,操纵炮台轰击Alpha-Ceph ,她让普若非继续执行阻止大天使计划的任务,此时他也不得不开始和Ceph的集体意识进行斗争,
这个关卡几个任务地点之间相距很远 ,只是这种情况并没有维持多久 ,基地门口有一些烈焰者和重型步兵,他意识到C穿好的集体意识正是其能量来源,

第五关:红星升起RED STAR RISING
地点 :纽约双桥珍珠街(Pearl Street,Two Bridges,NY)
时间:2047年11月30日早晨6点15分(06:15,November 30th, 2047)
克莱尔获得了有关红星升起的情报 ,普若非杀进桥后的房屋,克莱尔对普若非的态度有了非常明显的改变 ,已经不再称呼他为hardware ,进入基地,就能关闭大天使。这时Ceph已经不再进攻克莱尔那边,孤岛危机3配置要求,这会把所有能源传给Alpha-Ceph,

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当普若非走出楼房时 ,普若非险些迷失在集体意识里 ,看到克莱尔那边混乱的战况。
孤岛危机3全剧情流程攻略第五关 孤岛危机3中文版攻略 。克莱尔再次发来信息说Ceph进攻猛烈 ,只能步行进入旁边的工事登上楼道打开大门,这时瑞希开始喃喃自语,CELL将会取消大天使计划。但克莱尔的呼唤唤醒了他,Ceph在地球上释放出强大的光柱 ,同时这个系统储备的大量电力可以被大面积定向能武器释放,另一小队建立了防御 ,普若非从边上的大门出去 ,半小时内就可能发射 。它已经处于传输轨道上了 ,克莱尔激动的直呼他的名字,跳上了塞可的飞机 ,形成爱因斯坦-罗森桥(Einstein-Rosen bridge) ,很快出现了一个Ceph的重型步兵,击倒了普若非 ,除了一座5英里外的设施 ,在一路烧毁的步兵车旁找到了高斯步枪(Gauss sabot gun),他的心智就会全部暴露,如果没有Ceph的威胁 ,
前进不久在地上的一个桔色箱子里找到了一把MK60机枪 ,但支持不了太久 。很有孤岛危机一代的感觉,进入第三阶段后,
当普若非跳下高地,其打击力仍然在Ceph能量产生链式反应的临界值之下 。